不是所有的酶都是蛋白质。RNA可以形成复杂的二级结构，在化学反应中起到催化剂的作用。这些被称为核酶。然而，绝大多数的酶不是由RNA制造的，而是由氨基酸制造的，而氨基酸可以制造蛋白质酶。
几乎所有的酶都是蛋白质，由氨基酸组成。但有几种重要的酶是核糖酶，由RNA组成，由核苷酸组成。我认为最重要的核酶是肽酶合酶，在核糖体中。它是将氨基酸串在一起形成蛋白质的酶，在细菌中，活性位点是23S核糖体RNA的一个区域。
酶是一种生物催化剂——催化剂是一种能够提高化学反应速率而不被消耗的物质。酶也是一种蛋白质，它被折叠成复杂的形状，使更小的分子能够融入其中。这些底物分子适合的地方称为活性位点。
蛋白质是形状、大小和功能都不同的生物大分子。酶是一种分子，它能促进活细胞内的反应而又不会发生太大的变化，也就是说，酶是一种生物催化剂。
蛋白质能够发生形状变化，而且这种变化是可逆的，这使得它们在其他物质中最适合充当酶的功能。其他生物大分子如糖和脂肪则不太适合这样的功能。有些RNA分子也可以用作酶。也是出于同样的原因。
