我们不能简单的说蛋白质就是酶，相反，我们可以说，酶主要是蛋白质。酶通常是球状蛋白，单独或在更大的复合物中起作用。氨基酸的序列决定了酶的结构，而结构又决定了酶的催化活性。虽然结构决定功能，但还不能仅从结构上预测一种新的酶活性。我们有一个完整的部分告诉你关于反应和在这些反应中发生变化的分子。化学键是通过一系列中间反应产生和破坏的。当你观察生物系统时，这些变化很少单独发生。
培养皿中的一滴蛋白质会简单地分解成氨基酸吗？不。要把蛋白质分解成氨基酸，你需要酶。酶是生物分子(蛋白质)，起着催化剂的作用，帮助复杂的反应在生活中随处可见。假设你吃了一块肉。蛋白酶会发挥作用，帮助分解氨基酸之间的肽键。
所有的酶会分解所有的物质吗？不。酶是非常特殊的催化剂，通常用来完成一项任务。帮助消化蛋白质的酶对分解碳水化合物没有用处。此外，你不会在身体各处发现所有的酶。那将是低效的。神经细胞、肠细胞和唾液中有独特的酶。
你们都知道汽车和生产汽车的装配线。有巨型机器人帮助人们完成特定的任务。有些人把整辆车举起来，有些人把车门举起来，有些人把门闩安在车架上。酶就像那些巨大的机器人。他们抓住一两个碎片，对它们做点什么，然后释放它们。一旦他们的工作完成了，他们就会转移到下一个部分，再做同样的事情。它们是你细胞里的小蛋白质机器人。
基质与活动场地结合设计的移动车门的机器人不能对汽车进行制动。专门的机器人手臂无法完成这项工作。酶是一样的。它们只能作用于特定的分子，只能完成特定的任务。因为它们非常具体，所以它们的结构非常重要。如果只有一个氨基酸的酶是混乱的，酶可能不会工作。这就好像有人拔掉了机器人的一根电线。
例如，一些除草剂被用来阻止植物酶的活性。一个微小的除草剂分子可以附着在酶的活性位点上，使酶停止工作。植物通过改变酶中的一个或两个氨基酸来适应。它们调整自己的结构，能够继续工作，而除草剂不再限制酶。
