有没有一种酶可以进行反向翻译?任何生物都能编码来自肽的核酸吗?不。这将非常困难，原因如下:
- 蛋白质会折叠，这意味着它们不能轻易地作为一个序列被获取。有时，链的末端在三维结构内的某个地方结束。位于细胞膜上的蛋白质根本无法脱离并展开。
- 单个氨基酸之间的差异比核酸大得多。这似乎让它们更容易识别，但实际上却让识别变得更加困难，因为一个单一的催化机制必须适用于所有不同的形状。
- 蛋白质通常在翻译后进行修饰，例如加入磷酸基、糖基或脂基。但有时也会出现链断裂，或两个半胱氨酸残基交联。在某些情况下，氨基酸被修改成其他的，其中一些不属于标准20。逆向工程所有这些修改要么是不可能的，要么至少会使整个机制非常复杂。
还有一个事实是，蛋白质编码是退化的。有许多DNA编码可以产生相同的蛋白质。这并没有使蛋白质序列的反翻译变得更困难，但这意味着你不太可能得到正确的基因序列，即使你做得很完美。
