反式脂肪的坏处和健康风险有哪些呢？有观点认为，食用反式脂肪的负面后果不仅仅是心血管风险。总的来说，科学界对食用反式脂肪会特别增加其他慢性健康问题的风险的断言要少得多。
但总而言之，目前被科学界接受了的反式脂肪的风险包括：
阿尔茨海默氏症。2003年2月发表在《神经病学档案》上的一项研究表明，反式脂肪和饱和脂肪的摄入都会促进阿尔茨海默病的发展，尽管没有在动物模型中得到证实。 已经发现反式脂肪损害了中年大鼠的记忆和学习。吃反式脂肪的大鼠大脑中对健康神经功能至关重要的蛋白质较少。负责学习和记忆的大脑部分--海马体及其周围的炎症。这些正是通常在阿尔茨海默氏症发病时看到的变化类型，但在六周后才看到，尽管老鼠仍然年轻。
癌症。预防癌症很重要，而摄入反式脂肪会全面显著增加癌症风险，这一点没有达成科学共识。 美国癌症协会指出，反式脂肪与癌症之间的关系 "尚未确定。" 一项研究发现反式脂肪与前列腺癌之间存在正相关关系。 然而，一项更大的研究发现反式脂肪与高等级前列腺癌的显著减少之间存在相关性 欧洲癌症和营养前瞻性调查法国部分的结果表明，反式脂肪酸摄入量增加可能会使乳腺癌的风险增加75% 。
糖尿病。越来越多的人担心，食用反式脂肪会增加患2型糖尿病的风险。 例如，一项研究发现，反式脂肪消费量最高的四分之一的人患糖尿病的风险较高。 另一项研究发现，一旦考虑到总脂肪摄入量和BMI等其他因素，就没有糖尿病风险。
肥胖症。研究表明，反式脂肪可能会增加体重增加和腹部脂肪，尽管摄入的热量相似。 一项为期6年的实验显示，喂食反式脂肪饮食的猴子增加了7.2%的体重，而单不饱和脂肪饮食的猴子则增加了1.8%。 88]虽然流行媒体经常将肥胖与反式脂肪联系在一起，但这一般是在吃了太多热量的情况下，将反式脂肪与肥胖联系在一起并没有形成强烈的科学共识，不过6年的实验确实发现了这种联系，结论是 "在控制饲养条件下，长期食用反式脂肪酸是体重增加的独立因素。即使在没有热量过剩的情况下，反式脂肪酸也会增强脂肪的腹内沉积，并与胰岛素抵抗有关，有证据表明胰岛素受体结合后信号转导受损"。
肝功能障碍。反式脂肪在肝脏的代谢方式与其他脂肪不同，会干扰Delta 6去饱和酶。δ6去饱和酶是一种参与将必需脂肪酸转化为花生四烯酸和前列腺素的酶，这两种物质对细胞的功能很重要。
妇女的不孕症。2007年的一项研究发现，"与碳水化合物相比，反式不饱和脂肪的能量摄入量每增加2%，排卵性不孕症的风险就会增加73%."。
重大抑郁症。西班牙研究人员分析了12059人6年的饮食，发现吃反式脂肪最多的人比不吃反式脂肪的人患抑郁症的风险高48%.其中一个机制可能是反式脂肪替代了眶额叶皮层(OFC)中的二十二碳六烯酸(DHA)水平。2～16月龄的小鼠摄入非常高的反式脂肪酸（占总脂肪的43%）与大脑中DHA水平降低有关（P=0.001）.当对15名自杀的重度抑郁症受试者的大脑进行尸检，并与27名年龄匹配的对照组进行比较时，发现自杀者的大脑OFC中DHA减少16%（男性平均）～32%（女性平均）。OFC控制奖赏、奖赏期望和同理心（这些功能在抑郁性情绪障碍中都会减少），并调节边缘系统 。
行为易怒和攻击性：2012年对一项早期研究的受试者进行观察分析，发现饮食中的反式脂肪酸与自我报告的行为攻击性和易怒性之间有很强的关系，提示但不能建立因果关系。
记忆力减退。在2015年的一篇文章中，研究人员重新分析了1999-2005年加州大学圣地亚哥分校他汀研究的结果，认为 "在高生产力的年份，年龄小于45岁的成年人，更多的膳食反式脂肪酸摄入量与更差的单词记忆力有关"。
痤疮：根据2015年的一项研究，反式脂肪是西方模式饮食中促进痤疮的几种成分之一，此外还有高血糖负荷的碳水化合物，如精制糖或精制淀粉、牛奶和乳制品以及饱和脂肪，而减少痤疮的ω-3脂肪酸在西方模式饮食中缺乏。
