低聚异麦芽糖的危害有一些，比如肠胃问题和血糖上升。异麦芽糖被吹捧为对糖尿病患者安全的低血糖甜味剂，但一些研究发现其对血糖的影响并不乐观。当六个空腹的受试者在静止状态下食用25克IMO糖浆时，他们的平均血糖水平从109mg/L上升到136mg/dL，胰岛素水平在食用后30分钟内从4.8U/ml上升到32U/ml。
副作用禁忌包括血糖的提升，血糖增加24.8%，血液中的胰岛素水平增加566.7%，这表明低聚异麦芽糖远非低血糖。这是一项非常小的研究，我们不应该惊讶地发现，空腹时近一盎司的甜味碳水化合物会影响血糖和胰岛素水平。相反，一项针对年轻健康成年人的研究发现，每天食用15克IMO并不会对脂质浓度和葡萄糖吸收产生负面影响。
无论如何，这些研究结果再次证实，IMO应适度使用，不是狂吃碳水化合物的自由通行证，而且尽管根据美国农业部（USDA）的规定被归类为纤维，但确实对身体有生理影响。每天摄入超过30克的异麦芽糖可能会引起不良的胃肠道小问题，如气体、腹胀和软便。那些食用超过两根以IMO为主要碳水化合物来源的蛋白质棒的人，很可能摄入了超过30克的蛋白质。
一项研究发现，每天每公斤体重消耗1.5克是因摄入过多IMO而诱发腹泻的临界值。这相当于一个80公斤/176磅的人要吃120克，或使用大量IMO的六到七根蛋白棒。有两项研究发现，在停止使用IMO补充剂的14至28天后，双歧杆菌几乎下降到基线。如果是间歇性食用而不是长期食用，那么异麦芽糖可能不是增加肠道中益生菌含量的永久解决办法。
