若有以下情形，使用乳酸杆菌前请告知医师，本文带大家看一下乳酸杆菌安全吗，乳酸杆菌副作用和禁忌。
- 正在怀孕或哺乳。
- 正在服用其他药物，包含任何不需处方签即可取得的药品。
- 曾对类似乳酸杆菌的药品或草本植物过敏。
- 患有任何疾病、症状，或有身体不适的状况。
- 曾有过敏病史，例如对食物、染剂、防腐剂、动物过敏。
对大部分的人来说，包含婴幼童，使用乳酸杆菌是安全的。但相较于对药品的规范，营养补充品的规范较不严格，且可能尚须更多研究佐证其安全性。因此使用前请取得医师的建议，并确保服用益处大于风险。以下为使用乳酸杆菌时需特别注意的族群：
- 怀孕或哺乳中的妇女：怀孕或哺乳中的妇女使用乳酸菌是安全的，其中已有研究证实鼠李糖乳酸杆菌(Lactobacillus GG)对怀孕或哺乳中的妇女无害，但其他菌种的安全性尚无研究背书。
- 免疫系统较弱的人：乳酸杆菌营养补充品对免疫力较弱的人，如人类免疫缺乏病毒 (HIV)感染者、爱滋病 (AIDS)患,，和刚接受器官移植并正在服药避免器官排斥的人，功效可能会太强。为了安全起见，若免疫系统较差，请在使用乳酸杆菌前咨询专业医疗人员。
- 短肠症候群患者：短肠症候群 (Short bowel syndrome)患者比一般人更容易遭受乳酸杆菌感染，因此若有此类症状，请在使用乳酸杆菌前咨询专业医疗人员。
使用乳酸杆菌的副作用都很轻微，大多只会肠胀气或腹胀气，而且并非所有人都会经历这些副作用。如果觉得自己产生其他副作用，或有任何疑虑，都请咨询医师。
乳酸杆菌可能会与其他症状，或正在服用的药物产生交互作用，使用前请咨询医师或药师。以下为可能会与乳酸杆菌产生交互作用的药物：
- 抗生素药物：抗生素是用来杀死体内有害细菌的药物，但同时也会杀死好菌，因此若和乳酸杆菌一起服用，可能会降低乳酸杆菌的效用。如果要避免这种交互作用，请在使用抗生素后至少2小时，再服用乳酸杆菌。
- 免疫抑制剂：乳酸杆菌含有活菌及酵母菌，人体的免疫系统通常会控制体内的细菌及酵母菌数量，以免感染，因此会抑制免疫系统的药物，可能会增加感染机率，和乳酸杆菌同时服用会提高生病的风险。