当麦芽糖醇和其他糖醇（也称为多元醇）到达大肠时，它们会被肠道细菌发酵，从而产生气体和腹胀。这些未被吸收的糖类在肠道中的存在也会吸引水分，这可能会导致大便稀溏或腹泻，这是比较主要的副作用。
美国食品和药物管理局将麦芽糖醇归类为 "公认安全"，但有一个警告，即当成年人每天摄入的麦芽糖醇水平超过100克时，会产生通便作用。
研究证实，食用过量的麦芽糖醇会引起胃肠道问题，包括：
如果您使用麦芽糖醇作为低热量的甜味剂，请从少量开始，以避免麦芽糖醇的不良副作用。有些人可能对这种糖醇比其他人更敏感，所以你要排除消化系统的抱怨。
同样值得重复的是，如果你使用这种低碳水化合物甜味剂来支持减肥或调节血糖水平，你需要小心摄入。它不像食糖那么甜，所以如果你为了寻找同样的甜味而过度摄入麦芽糖醇，你将会摄入和糖一样多的热量。
而且，尽管这种低热量的甜味剂的血糖指数比糖低，但它不是零，所以它仍然会影响血糖水平。
给狗主人一个特别提示。用糖醇制成的加工食品实际上对狗是有毒的。避免将低热量的糖果、烘焙食品或口香糖放在你的小狗可以接触到的地方。
