在环境温度较低、湿度较小的情况下，干燕窝一般可以保存1-3年的时间，但建议最好不要超过3年，超过3年的燕窝虽然不一定出现变质的情况。
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干燕窝的保质期一般为3年，不过这个期限也并非绝对。干燕窝一般分为零售燕窝和批发燕窝，两者的干度是不一样的，零售燕窝的干度比批发燕窝的高，一般能达到98%左右干，而批发燕窝一般是90%左右干。干度高一些，保质的期限相对长一些。
湿燕窝是指泡发后的燕窝，泡发后的燕窝保存得当，一般可以保存7天左右的时间。
炖好的燕窝不建议放太久，因为燕窝富含的蛋白质和碳水化合物都是水溶性的，在炖的时候，燕窝会吸水而膨胀，如果长时间的放在冰箱保存，即便能保证不变质，但原本被吸入的水分也会慢慢释放出来，而且炖好的燕窝一般都会加入冰糖，这都很容易导致燕窝变稀甚至化成水。所以保质期一般是3天左右，如果材料越复杂，保质期就越短。
即食燕窝的保存期一般能到18个月左右，但具体也要根据即食燕窝的加工工艺、材料等而定。
干货保藏只要是燕窝本身干燥，通常采取密封保鲜方法，最为省事。因此，在彻底晾干后（不可阳光直晒），密封保存，或者放在通风无潮的地方即可。
从购买时，未开封的燕窝直接放在冷藏室。采取不开封，不动用。一经开封，就尽快食用完。同时保证燕窝的干燥性。在未开封之前贮存于冰箱的冷藏格或阴凉干燥处，打开之后需在15-20天内食用完毕，在开封的食用过程中，须存于冰箱冷藏。若无法在7-10天食用完，请放至冰箱冷冻，下次吃时，再先行取出解冻。
为了方便，一次性泡发多盏燕窝，将已泡发好的燕窝分成若干份，一份大约3-5克装入保鲜袋密封后，放入冰箱直接冷冻，吃的时候，直接解冻就可以炖煮了。
很多窝友反应，炖好的燕窝未及时服用，发现存放在冰箱里的鲜炖燕窝变成了水。这属于正常现象，如果闻起来没有异味，颜色没有浑浊，燕窝依然可以吃。
燕窝的主要成分是优质蛋白质和碳水化合物，剩下的则是水和微量元素。其中蛋白质和碳水化合物都是水溶性的，所以燕窝在炖煮时会吸水膨胀。如果将它长时间存放在冰箱（超过一周），尽管在温度上能保证不变质，但原本被吸入的水分，会慢慢被释放出来，最终化作一摊水。
自己炖好的燕窝，要存放在冰箱里，并尽量在一周内吃完。一般而言，保鲜期可长达十多天。但必须牢记一个前提：炖燕窝时，不能添加冰糖等，否则很容易造成在存放过程中化水。炖好的燕窝要凉了以后才放入冰箱保存，温度控制在0-4℃；避免与荤菜或油腻食物摆放在一起，也最好远离冰箱里的照明灯；千万不要摇晃盛器，这样会加速燕窝的融化。
当再次取出时，可将燕窝拌入牛奶或者燕麦片，然后放进微波炉，稍稍加热。不过虽然微波炉加热快、方便，但容易导致水分流失，所以用微波炉加热食物时要盖上盖子。记住：如果温度过高，容易导致燕窝化水。
