亚麻籽粉的副作用禁忌很多，如果大量食用亚麻籽，由于亚麻籽的大量形成通便作用，它可能会阻塞肠道。它们应该与大量的水一起服用，以防止这种情况发生。 在饮食中大量添加亚麻籽可能会增加每天的排便次数。它还可能导致胃肠 (GI) 副作用，例如腹胀、胀气、腹痛、便秘、腹泻、胃痛和恶心。
亚麻籽甚至可以与药物相互作用。它可能会减缓血液凝固。服用亚麻籽和减缓凝血的药物可能会增加瘀伤和出血的机会。亚麻籽可以降低血糖水平。糖尿病药物也用于降低血糖。服用亚麻籽和糖尿病药物可能会导致您的血糖过低。亚麻籽富含纤维，可以阻塞消化道，这可能会阻止某些药物和补充剂的吸收。
亚麻籽具有类似雌激素的作用，可诱发月经周期，因此不建议准妈妈食用这些种子。它可能对怀孕造成不利影响，包括增加早产的风险。
