密码子用来编码氨基酸的过程是什么？这很复杂。几代科学家已经研究了这个过程。
在核糖核酸上的密码子，当在核糖体上时，将与在tRNA上发现的反密码子碱基配对，tRNA在其3’羟基末端携带氨基酸(一种氨基酰基)。然后，游离氨基攻击与相邻肽基-tRNA形成的酯键，形成肽键。相邻的tRNA离开核糖体，一个新的氨基酰基tRNA与mRNA形成碱基对。
至于正确的氨基酸是如何放在正确的tRNA上的，那是另一回事了。有一些特定的氨基酰基tRNA合成酶既能识别tRNA(有时在反密码子，但不总是)又能识别正确的氨基酸，并催化酯键的形成。
这个过程本身被称为翻译，发生在细胞质中。
在翻译之前，信使核糖核酸离开细胞核，进入细胞质。在那里，它会附着在核糖体上，并开始翻译。
细胞质中有运输核糖核酸。每个tRNA有一个3碱基的反密码子。它们被一种叫做氨酰tRNA合成酶的酶与某种氨基酸固定在一起。
核糖体的功能是将信使核糖核酸密码子(信使核糖核酸链上的一组3个碱基)与正确的反密码子相匹配。这是被分成密码子的基因。
