跨膜蛋白富含疏水/亲脂性氨基酸吗？是的，但它比那更有趣。
跨膜蛋白质的两个主要结构类别是α螺旋束和β桶。
下面是使用跨膜蛋白OmpX (PDB识别号:1QJ8)的结构绘制的图，每个结构下面提到的氨基酸是在结构上显示为棒状的那些。这个结构是一个β-桶，相当于一个折叠成桶的β-片。桶的内部是亲水的，而外部是疏水的。
这种蛋白质既有疏水残基，也有亲水残基。它们在序列中交替出现。这种交替排列很重要，因为疏水残基向外指向脂双层，而亲水残基向内指向桶孔(见图中的图1和图4)。大量亲水残基也位于机筒的链间环中。这些回路暴露在溶剂中。
OmpX的总平均亲水性值为-0.575。较低的值(更负)意味着残基更亲水。该值与许多可溶性蛋白质的值相当。所以仅仅根据蛋白质本身的疏水性，很难判断。
跨膜区最常见的氨基酸是甘氨酸。OmpX中约13%的氨基酸残基是甘氨酸。对于其他β-桶蛋白，这个数字甚至可以高达20+%。
桶的两个边缘上存在大量的芳香残基，它们位于脂双层和水相之间的界面上。这些残基形成一个带状结构，这被认为有助于这些结构的稳定性。
在α-螺旋膜蛋白中，氨基酸的分布不同于β-桶蛋白。在跨膜区，它们比桶蛋白有更多的疏水残基。此外，支链疏水氨基酸在螺旋膜蛋白中更常见。像桶蛋白一样，芳香残基存在于脂双层和水相的界面。甘氨酸被认为是可溶性蛋白质中的“螺旋破坏剂”，更常见于跨膜螺旋中。
