有些人担心大豆蛋白可能带来副作用。如上所述，大豆蛋白含有植酸盐，也称为抗营养剂。这降低了大豆蛋白中铁和锌的利用率。
然而，植酸盐不会对你的健康产生不利影响，除非你的饮食严重失衡，并且你依赖大豆蛋白作为铁和锌的来源。
也有人担心大豆的摄入会影响一个人的甲状腺功能。
大豆中的异黄酮起甲状腺激素的作用，可以干扰甲状腺功能和激素的产生。
然而，有各种研究表明，大豆对人体甲状腺功能没有或只有非常轻微的影响。
此外，由于大豆蛋白中含有植物雌激素，许多人不食用大豆蛋白，因为他们担心植物雌激素会破坏体内的天然激素水平。
植物雌激素是一种天然存在于植物中的化合物，具有雌激素样的特性，能与体内的雌激素受体结合。大豆是这些物质的显著来源。
然而，大豆蛋白粉是由在酒精和水中漂洗过的大豆制成的，它去除了很大一部分植物雌激素的含量。
同样，许多男性担心大豆蛋白会降低他们的睾酮水平，但研究并不支持这一说法。
一项广泛的综述研究表明，无论是大豆食品还是大豆异黄酮补充剂都不会改变男性的睾酮水平。
最后，大豆产品是有争议的，因为它们经常是转基因的。目前没有确凿的证据表明，与非转基因品种相比，食用转基因大豆对健康有任何不利影响。
大豆的许多潜在缺点都归因于食用大豆，而不是大豆蛋白粉。需要对大豆蛋白粉进行更多的研究，以明确它是如何影响健康的。
虽然吃大豆有一些潜在的缺点，但证据相当薄弱，表明大多数人可以放心食用大豆。
